本发明公开了一种真菌毒素ZEN降解酶突变体及其应用，属于生物工程技术领域。本发明公开了来源于GliocladiumroseumMA918的玉米赤霉烯酮降解酶(简称ZENG酶)作为亲本，利用基因突变技术，第134位的组氨酸His和136位的丝氨酸Ser同时替换成苯丙氨酸Phe，得到双突变体H134F/S136F。最适催化条件下，酶在53℃保温2min后残余酶活提高了36％；保温5min后的残余酶活提高了33％；保温7min后残余酶活提高了12％。在58℃保温2min后残余酶活提高了34％，保温5min后的残余酶活提高了13％。