本发明属于低聚果糖领域，具体公开了一种海枣曲霉及利用海枣曲霉发酵生产高纯度低聚果糖的方法，该新菌株命名为海枣曲霉(Aspergillusphoenicis)MZ40，菌种保藏号为CGMCCNo.18113；本发明以蔗糖为原料，通过加入海枣曲霉(Aspergillusphoenicis)MZ40，海枣曲霉(Aspergillusphoenicis)MZ40在发酵过程中能够分泌果糖基转移酶，蔗糖可在果糖基转移酶的作用下生成低聚果糖；低聚果糖粗液再通过脱色处理，纳滤膜、离子交换树脂等步骤得到高纯度低聚果糖。本发明步骤简单，操作方便，过程易于控制，方便规模化工业生产。实验结果表明，低聚果糖的收率可达84.03％，纯度在96.89％以上；同样发酵条件下，没有添加米曲霉(Aspergillusoryzae)MZ40的发酵液，不会产生低聚果糖。