本发明涉及低聚乳糖领域，公开了一种低聚半乳糖的提纯工艺，通过将市售低聚半乳糖加入到去离子水中得到糖浆，再加入解脂亚罗威酵母进行发酵可有效去除市售低聚半乳糖中的乳糖和葡萄糖；再通过加入无机酸调节pH、加入乙醇进行醇沉，可有效去除低聚半乳糖中的其他杂质；再通过大孔吸附脱色树脂进行脱色处理，再利用纳滤膜、酸性阳离子树脂和碱性阴离子树脂可有效提高低聚半乳糖的纯度。本发明步骤简单，操作方便，过程易于控制，方便规模化工业生产。实验结果表明，低聚半乳糖的纯度在90.16％以上。