本发明属于低聚果糖领域，具体公开了一种米曲霉及利用米曲霉发酵生产低聚果糖的方法，该新菌株命名为米曲霉(Aspergillusoryzae)MZ30，菌种保藏号为CGMCCNo.18106。本发明以白糖为原料，通过加入米曲霉(Aspergillusoryzae)MZ30，使得发酵过程能够产生果糖基转移酶，将白糖催化合成低聚果糖，再通过活性炭脱色，超滤膜、阳离子交换树脂、阴离子交换树脂过滤，浓缩、干燥，可得到高纯度的低聚果糖。本发明以白糖为原料制备的低聚果糖，能够促进肠道内双歧杆菌的增殖，抑制肠杆菌、肠球菌的增殖，具有调节肠道菌群、抑制肠杆菌和肠球菌的作用。经实验可发现，同样发酵条件下，没有添加米曲霉(Aspergillusoryzae)MZ30的发酵液，不会产生低聚果糖。