本发明涉及一种检测细菌在丹参中定殖能力的方法，包括如下步骤：1)将待检测细菌接种于灭菌处理后的丹参幼苗中培养以使所接种的细菌定殖；2)将定殖好的丹参幼苗分别经过如下步骤处理并分组：W)无菌水冲洗；SD)灭菌的盐溶液洗涤10min～30min后再用无菌水冲洗；B)依次用灭菌的盐溶液洗涤、用次氯酸钠洗涤、用Na2S2O3溶液冲洗；3)扩增各分组中定殖好的所述待检测细菌的特征性核酸片段，并将扩增结果进行染色，根据W、SD和B组是否出现目标条带以确定所述待检测细菌的定殖能力，在B组出现目标条带定值能力最强，SD组次之，W组最次。该方法能够更加客观评价细菌定殖能力。