本发明提供了一种用于防治作物根系病害的微生物菌剂和应用，属于微生物制剂技术领域，所述微生物菌剂包括以下重量份的组分：荧光假单胞菌1～5份、弯曲芽孢杆菌2～6份、枯草芽孢杆菌1～3份、植物乳杆菌1.5～4.5份、抗氧化剂4～8份和稳定剂4～9份。在本发明中，所述微生物菌剂能够防治作物根系病害，能够防治辣椒青枯病、草莓根腐病、大豆根腐病和黄瓜枯萎病。使用本发明提供的微生物菌剂后能够防治作物根系病害，防治效果在85％以上。