本发明公开了一种重组蛋白肽图分析方法，包括如下步骤：S1、样品配制：包括S101、取重组蛋白对照品和待测样品，超纯水溶解或稀释，使终浓度为1mg/ml；S102、胰蛋白酶溶液：称取胰蛋白酶5mg，超纯水溶解，浓度为1mg/mL，分装于EP管中，50μL/管，‑20℃储存备用；S103、100mmol/LNH4HCO3溶液，称取NH4HCO3395.3mg，超纯水溶解并定容至50ml；S104、10％TFA溶液：取TFA溶液100μl于EP管中，加入900μl超纯水，混匀，备用；本发明针对重组人红细胞生成素融合蛋白，经过对变性、二硫键断裂、色谱条件等的优化，建立了一种稳定、可控的肽图谱分析方法用于此rhEPO‑Fc的质控；本发明重点解决了因结构位阻效应和片段较多，很难酶解充分并得到理想的裂解峰图的技术问题，提高重组蛋白质药物的肽图检查准确性。