本发明公开了一种用于鉴定甘蔗中斑茅血缘的SSR引物组、试剂盒及其应用。所述引物组包括10对SSR标记引物SSR1～SSR10。所述检测试剂盒包含SSR引物组和PCR试剂。本申请所述的SSR1～SSR10引物对是一套自主开发的具备斑茅特异性的SSR标记的引物，这套SSR标记的特点是平均分布于斑茅的一套染色体组上，以这套标记的一对或几对引物扩增，只要出现了斑茅特异性条带即可判断为存在斑茅血缘。利用这套标记进行鉴定可以避免斑茅后代染色体丢失后由于标记失效而无法检出斑茅血缘的问题，因此这套标记特别适合甘蔗与斑茅杂交高代材料的鉴定。