本发明涉及微生物发酵生产有机肥技术领域，具体涉及使用秸秆生产柠檬酸的废弃物制备牛蒡生物有机肥的方法，包括原材料处理、菌种活化、菌种驯化、高密度发酵及牛蒡生物有机肥的发酵的过程制备得到了牛蒡生物有机肥，本发明以水稻秸秆发酵生产柠檬酸产生的废渣和废液为原料进行生物有机肥发酵研究，通过对固氮菌、解磷菌、解钾菌和生防菌的活化及驯化，采用高密度发酵，控制发酵条件，最后生产出牛蒡生物有机肥，本发明制备的牛蒡生物有机肥能够改善牛蒡的种植条件，降低生产成本，增加牛蒡的产量，提高牛蒡的品质。