本发明涉及硅酸盐类矿物利用及生物工程，具体涉及一种含有活性云母的组合物及其生物发酵制备方法。一种含有活性云母的组合物，按重量份计，其制备原料包括：2～6份硅酸盐类矿物、3～8份溶剂、0.5～2份梅果。本发明利用生物发酵制备得到的含有活性云母的组合物不含多种有害成分，富含有效活性组分，能够降解谷物、果蔬中农药和化肥的残留物，降解生活用品中的有毒有害物质，用于制药时可利用其中的有机锗来治疗癌症等多种疾病。此外，还能得到具有多种作用的古曼石，可用作防锈漆的颜料，用于制造耐火材料、石英玻璃、光导纤维、电子工业的重要部件等，用于制备防晒品，对人体无害，用作消毒剂，去除有害物质，用作空气净化剂，保护环境。