本发明涉及生物工程技术领域，公开了一种南极磷虾小分子肽的制备方法。包括以下步骤：1）将南极磷虾肉洗净后绞碎得肉糜，将肉糜浸入乙酸乙酯浸泡脱脂，静置，过滤分离得脱脂磷虾肉糜；2）将脱脂磷虾肉糜加入水中均匀分散，加入去氟复合颗粒，过滤分离得脱氟肉糜；3）将脱氟肉糜加入水中均匀分散，加入胰蛋白酶，加热酶解的南极磷虾酶解液；4）将南极磷虾酶解液依次经过超滤、凝胶柱层析纯化得南极磷虾小分子肽。本发明制备得到的小分子肽中氟元素含量较低，不会对人身体健康造成影响。