本发明属于高分子材料技术领域，具体涉及一种具有耐高温、抗菌、防霉和阻气性能优良等特点的聚醚醚酮薄膜及其制备方法。制备薄膜的复合材料含95.0～99.5wt％的聚醚醚酮树脂，0.5～5.0wt％的抗菌防霉剂。制备方法包括抗菌防霉剂与树脂的预混，预混粉料在薄膜挤出机内熔融塑化，经机头过滤装置过滤，熔体进入弓形口膜形成熔体膜片，熔体膜片进入三辊压光机进行冷却定型制得聚醚醚酮薄膜等步骤。所述的挤出温度为280～400℃，三辊压光机的冷却定型温度为100～150℃，辊速为1～5m/min。本发明制备的聚醚醚酮薄膜在电子信息（诸如薄膜开关板和传感器），航空航天等高端领域具有广泛的应用前景。