本发明涉及涉及一种蛋白质除盐方法及其应用。该蛋白质除盐方法包括以下步骤：(1)先用TFA溶解蛋白质样品，离心取上清；(2)用ACN润湿ZipTip，再用TFA进行平衡；(3)采用步骤(2)中润湿和平衡后的ZipTip数次吹吸使得步骤(1)中的样品至少通过吸附柱2次；再用冲洗液TFA进行冲洗；(4)再用洗脱液洗脱肽段；(5)SpeedVac抽干样品。本发明所提供的除盐方法，可以适用于经过磷酸化修饰富集处理的蛋白质中，克服了现有技术中除盐方法蛋白质损失大的问题，扩展了磷酸化修饰蛋白质组的应用范围，实现了磷酸化修饰蛋白质组从非标记到标记的跨越，将磷酸化修饰富集技术和标记技术更好地结合在了一起。