本发明具体涉及一种石蜡包埋样本中蛋白质的提取及检测分析方法。本发明采用丙酮沉淀法，充分裂解后的蛋白溶液加入冷丙酮和30mMDTT，涡旋混匀，‑20℃沉淀，离心时去掉上清后采用质谱更兼容的溶液重悬蛋白，SDS等表面活性剂能够和蛋白结合，丙酮沉淀蛋白时会一起沉淀下来，所以丙酮沉淀一次只能去掉部分的SDS，待重悬的蛋白进行还原烷基化后，再次加入冷丙酮和10mMDTT，‑20℃沉淀，离心去掉上清后再次采用质谱更兼容的溶液重悬蛋白，经过两次丙酮沉淀与裂解液重悬置换，SDS对后续实验的影响基本消除，并且每个样品只需3ml左右的丙酮，成本大约0.1元，相较于超滤管，节省了更多成本。