本发明涉及一种紫玉米原花青素的提取工艺，其包括以下提取步骤：S1：对紫玉米芯进行干燥恒重，并将干燥后的紫玉米芯进行破碎，制得紫玉米芯粉；S2：将制得的紫玉米芯粉进行预处理，制得制得含有原花青素的原料液；S3：采用双水相萃取原料液的活性成分，并采用微波辅助提取法，制得原花青素的粗提液；S4：将原花青素粗提液旋蒸除醇后，制得A混合物；S5：在A混合物中加入稳定剂，均质并进行喷雾干燥，制得原花青素提取物。通过选用紫玉米芯作为原料，对其进行预处理，便于之后的活性物质提取，从而达到利用紫玉米芯提取原花青素的目的，减少资源的浪费，提高资源的利用率。