本发明涉及一种基因重组大肠杆菌表达的融合蛋白制备方法，属于生物工程技术领域。针对目前各种大肠杆菌工程菌表达的融合蛋白制备工艺中的缺点，特别是菌体破胞这一步的难点，开发了一种适合工业化大生产的解决方案。其主要特征在于，发酵结束后，在不需要离心收集菌体的前提下，利用发酵液直接高温热破胞的方式达到高效的菌体破胞效果，再经过碟片离心机离心获得含有重组融合蛋白的上清液。然后利用膜过滤和膜浓缩常规流程获得浓缩后的重组融合蛋白溶液，然后经酶切获得目标多肽。该工艺设备要求低，工艺流程简单、成本低，非常适合工业化放大生产。