本发明公开了一种N‑15标记的微囊藻毒素及其生产方法，其生产方法包括以下步骤：微囊藻的清洗：选用处于对数生长期的微囊藻作为藻种，采用去离子水对藻种进行悬浮清洗，离心后收集藻体，清洗次数至少2次；微囊藻的培养：将清洗干净的微囊藻接种到带有N‑15的专用培养基中，并置于光下培养，光强约2500‑5000LUX，温度为25‑28℃，每天摇匀培养瓶1‑5次，培养10‑30天，得到培养液；微囊藻毒素的提取：对培养液中的微囊藻细胞进行裂解处理，离心收集上清液，得到微囊藻毒素粗提液。本发明的生产方法简单易操作，制备的微囊藻毒素的N‑15标记率高，作为标准品使用降低基质效应，定量更准确，相比现有非标微囊藻毒素，具有更好的应用前景。