本申请属于生物技术领域。为达到以高效的方式、温和的条件制备出天然高褐藻酸含量的褐藻提取液，保留更多的褐藻活性物质，本发明采用的技术方案为：一种利用微生物酶联发酵方式制备褐藻提取液的方法，其特征在于：该方法是将干基褐藻粉与水调配成发酵底物，然后在发酵底物中加入预发酵液，按照阶段性补充干基褐藻粉的方式在发酵罐中经过发酵获得褐藻提取液。本发明通过酶联发酵工艺，可以高效的获得高浓度褐藻酸的褐藻提取液，含量可高达5‑7%，并且保留更多的天然活性物质，避免了后期浓缩产生的能耗以及活性成分的丧失。