一种便携式荧光检测设备及其控制方法,包括控制系统和外壳，所述外壳内设有内筒体，内筒体为两端开口的中空结构，内筒体与外壳之间设有循环通道，外壳底部活动装有搅拌叶片，该搅拌叶片伸入内筒体中，外壳底面装接有安装座，安装座内设有电机，电机的驱动轴安装有旋转板，搅拌叶片与旋转板之间通过磁力机构连接，外壳底面安装有与控制系统连接的加热器，外壳侧壁设有与控制系统连接的温度传感器、紫外线发射管和荧光接收传感器，电机与控制系统连接，紫外线发射管朝向循环通道内发射紫外光线经反射后被荧光接收传感器接收。本发明操作方便，体积较小，方便携带，测量精度高。