本发明提供了一种球等鞭金藻的保存方法，属于微藻培养技术领域，所述方法包括以下步骤：1)用含混合抗冻剂的f/2培养基培养球等鞭金藻至对数生长期获得球等鞭金藻培养液；2)向步骤1)中所述的球等鞭金藻培养液中加入氯化铁进行絮凝，获得絮凝的球等鞭金藻细胞；3)收集所述絮凝的球等鞭金藻细胞，冷冻干燥后，密封保存；步骤1)中所述混合抗冻剂包括二甲亚砜和甲醇。利用本发明所述方法保存球等鞭金藻，在常温保存一年后，所述球等鞭金藻细胞的存活率能够达92％，远远大于常规的保藏方法的细胞存活率。