一种制备微生物肥料菌剂的方法，包括以下制备步骤：S1：从土壤中分离得到的各毛壳菌菌株，经过筛选以及独立测试，选出毛壳菌活性菌株；S2：将毛壳菌活性菌株培养在马铃薯葡萄糖琼脂培养基中培养；S3：将毛壳菌菌丝及孢子从培养基表面刮下，培养在马铃薯葡萄糖液态培养基中培养；培养基置于摇床；S4：过滤菌落，将菌落放于搅拌机中，加无菌水搅拌，得到菌液；S5：将菌液烘干后，配制成粉剂。本发明中，粉剂可以促进植物生长，提高植物抵抗多种植物病原菌的免疫力；通过使用粉剂，而减少有毒化学农药的使用，保持环境；改良土壤生物结构，降解动植物残体为有机质，从而提高土壤肥力。