本发明公开了一种生物疫苗灭活控制系统，包括灭活罐、进料口和出料口，所述进料口和出料口设置于灭活罐的底部，所述进料口连通有进料管，所述进料管上设置有用于增压将废水输送入灭活罐内的增压装置，所述出料口连通有出料管，所述出料管上设置有用于将废水从灭活罐内抽出并将灭活罐内抽至真空的抽压装置，病毒流体从罐体的底部慢慢向上注入到罐体内，避免了对罐体内壁中上部位因喷溅而产生病毒液残留在中上部位的问题。