本发明提供了一种血红裸藻多肽的提取方法，属于藻类多肽提取技术领域，所述方法包括以下步骤：1)血红裸藻加水浸提获得浸提液，超声辅助酶解所述浸提液获得酶解液，干燥所述酶解液获得血红裸藻多肽粗品；2)将步骤1)中所述的血红裸藻多肽粗品以水溶解后，对获得的血红裸藻多肽溶液进行酶解、透析、干燥、重新溶解、G‑75葡聚糖凝胶过滤、干燥获得血红裸藻多肽纯品；所述透析用透析膜的截留分子量为500～1000D。本发明提供的方法血红裸藻多肽的提取率高达5.3％，蛋白质含量≥90％(g/100g)；小分子低聚肽≥80％(g/100g)。