本发明公开了一种以秸秆为原料制得低聚木糖的方法，秸秆通过浸泡、酸碱处理可提高秸秆中的木聚糖溶出量；纤维素酶、半纤维素酶和木聚糖酶能够将处理液中的木聚糖、纤维素、半纤维素降解，提高低聚木糖的收率；通过采用截留分子量为1000～1500Da、600～800Da、200～400Da的纳滤膜对酶解液进行分离过滤，大孔吸附树脂脱色，离子交换柱洗脱除盐，可有效提高低聚木糖的纯度，且产品均一性好、质量稳定。本发明制备工艺简单，反应条件温和，便于工业化生产。