本发明公开了一种以玉米淀粉为原料生产低聚异麦芽糖的方法，采用玉米淀粉为原料，淀粉经α‑淀粉酶处理后，得到液化淀粉，液化淀粉在麦芽糖生成酶的作用下生成麦芽糖，然后所生成的麦芽糖与α‑葡萄糖苷转移酶作用使分子结构键合位置发生改变，转化成低聚异麦芽糖，随后通过啤酒酵母的作用去除成分中的葡萄糖和麦芽糖，使得最后得到的低聚异麦芽糖的纯度高。本发明提供的的生产方法不仅可以提高低聚异麦芽糖产品的纯度，而且还可以提高生产效率，简化生产步骤。