本发明公开了一种高纯度低聚果糖的制备方法，将菊粉加水配制溶液，向溶液中加入菊粉酶，通过缓冲液将溶液pH值，得到粗制低聚糖；再将粗制低聚糖的pH进行调节，加入果糖基转移酶，得到混合液；通过将混合液进行脱色处理，纳滤膜、凝胶层析分离，再进行浓缩、干燥，即得高纯度低聚果糖。本发明以菊粉为原料，通过加菊粉酶可将菊粉分解成低聚糖；低聚糖在果糖基转移酶的作用下可生成低聚果糖；再通过脱色处理，纳滤膜、凝胶层析分离可有效提高低聚果糖的纯度。本发明步骤简单，操作方便，过程易于控制，方便规模化工业生产。