一种生物菌胶囊制备与施用方法属于施肥技术；将生物菌与200目麦饭石按重量1∶3.8～23的比例加入到三维混料机中，混合30～50min后，利用全自动胶囊填充机将混匀后的生物菌与麦饭石混合料0.2‑0.25g填入到3#空心胶囊内，得生物菌胶囊；将上述生物菌胶囊在作物生长过程中植入到作物种子或根系所在位置相同深度的横向2‑3cm处；本方法达到了作物绿色、定量、定点施肥的目的，解决了作物施用生物菌肥时的肥料浪费，肥效直达作物根部，吸收效率高，减少资源浪费，降低施肥成本，实现环保、高效用肥。