本发明所述一种生物工程实验取样装置，包括取样筒，取样筒设有拉起杆，取样筒侧部设有上进液孔和下进液孔，取样筒内设有内螺旋搅拌桨，取样筒下方设有外螺旋搅拌桨，上进液孔和下进液孔均连通一进液软管，进液软管侧部设有若干通孔，取样筒设有冲洗装置，冲洗装置包括从生物反应装置内抽取液体的抽液软管，抽液软管设有水下水泵，抽液软管的出水一端设有喷头，喷头对准所述取样筒内部，内螺旋搅拌桨持续对取样筒取出的样品进行搅拌，而且操作者通过拉起杆拉起取样筒，即可将已装满样品的取样筒提起。