本发明涉及生物工程技术领域，具体涉及一种生产生物油脂的丝状真菌黑曲霉(Aspergillusniger)菌株E1及其应用。本发明通过对产油菌株黑曲霉菌株E1的发酵条件和培养基进行优化，使其培养生物量高达10.49g/L，油脂含量高达4.59g/L。生物量和油脂含量分别较优化前提高了14.39％和85.08％。本发明所提供的黑曲霉菌株E1可产生油酸、α‑亚麻酸、二十一烷酸等多种脂肪酸。菌株后续可广泛应用于脂肪酸以及生物柴油的生产，具有广泛的工业应用价值。