本发明提供一种中药微生态复方制剂及其制备方法和应用，该中药微生态复方制剂中包含中药微生态复方组合物，该组合物以益生菌和中药复方为原料；其中，所述益生菌为嗜酸乳杆菌和/或其发酵物；所述中药复方包含原料：黄连、桑叶、蒲公英和连翘。本发明所述的中药微生态复方组合物及其制剂具有较好的抑菌活性，能够很好地防治母猪生殖道感染。