本发明公开了一种糖化酶黑曲霉菌种制备、保藏及使用方法，属于生物工程技术领域。该发明通过原种扩培、菌丝体制备、菌丝菌球制备、冻存甘油管制备、超低温保存、生产种制备（使用方法）等步骤，从而将生产种制种工艺由传统的4步简化为1步，时间由14‑18天缩短到2‑3天，使用极为方便。本发明的制种工艺省去了生产种制备过程中活化、复壮、筛选等步骤，生产种制种工艺简单、操作方便、菌种生产性状稳定，经过连续在生产上使用未见退化现象，很好的解决了传统糖化酶黑曲霉菌种制种繁琐、易退化的技术缺陷。