本发明涉及生物工程技术领域，具体为一种从大鲵中提取功能蛋白的方法，其包括步骤：前处理、酸碱处理、热水提取、液相分离、酶解、过滤、减压浓缩和离心喷雾干燥，通过对大鲵进行清洗并且高度粉碎获得的大鲵骨肉糜，先利用酸处理将大鲵骨中的钙盐等消化再利用碱处理使大鲵皮肉中的脂质去除。大鲵经过前处理后利用蛋白肽以及非肽物质对热的稳定性不同，对大鲵骨肉进行高温提取。提取液经过不同酶试剂对肽的剪切，得到均匀的酶剪切液。后续通过对酶剪切液进行不同渗透膜的浓缩过滤，得到分子量在一定范围内的小肽，且该分子量范围的肽占肽的85%以上，可以大大增加吸收效率、对不同分子量范围的肽产品功效性研究提供良好基础。