本发明涉及生物工程技术领域，具体为一种以南极磷虾粉为原料提取小分子肽的方法，经热水提取、酶水解酶灭活后得酶剪切液，经钙盐沉淀、过滤、经过复合管式膜，去除小分子杂质、菌丝，经纳滤膜后减压浓缩至一定浓度后再经离心喷雾干燥得小分子肽粉，能将南极磷虾粉进行综合利用，提高南极磷虾粉的资源利用率，增加南极磷虾粉的附加值。