本发明公开了一种嵌入式高精度时钟服务器系统，该系统时钟源接入及解码模块、微秒时间计数模块、时间信息寄存器模块、网络时间服务器接口模块、网络时间服务器模块、系统存储模块和系统远程访问模块组成。该系统可根据信号质量自动选择GPS信号、靶场仪器组(IRIG-B)码或北斗信号作为系统外部时间基准信号，并通过系统内部的恒温晶振产生微秒级时间，提高系统基准时间源精度，并同时提供网络时间协议(NTP)、简单网络时间协议(SNTP)和日时间协议(Daytime)供网络中其它客户端进行时间校准。此外，该系统还可以通过远程方式反向查询和设置系统网络地址，降低了网络管理难度。本发明能实现0.1毫秒级误差的网络时间校时服务，弥补了传统时间服务器时间基准信号切换困难、时间精度较低、管理不便的缺陷。