本发明涉及工程菌用连续发酵系统及发酵工艺，连续发酵系统包括第一发酵罐、第二发酵罐、蝶式离心机、搅拌罐和蠕动泵，第一发酵罐的出口管、第二发酵罐的出口管及蝶式离心机的入口管通过第一管路相互连通；蝶式离心机具有上清液出口和发酵菌体出口，蝶式离心机的发酵菌体出口通过第二管路与搅拌罐的入口连通；搅拌罐的出口管、第一发酵罐的入口管及第二发酵罐的入口管通过第三管路相互连通；蠕动泵安装于第三管路；第一发酵罐的出口管安装第一阀门，第二发酵罐的出口管安装第二阀门，蝶式离心机的入口管安装第三阀门，搅拌罐的出口管安装第四阀门，第一发酵罐的入口管安装第五阀门，第二发酵罐的入口管安装第六阀门。本发明发酵效率高。