本实用新型公开一种疫苗瓶全自动清洗消毒系统，包括贮瓶箱和移箱装置，贮瓶箱镂空设置，且横截面呈扇环形，贮瓶箱的顶面的两弧形边设有翻边，疫苗瓶倒扣均匀排列设置在贮瓶箱内；移箱装置包括转盘以及转盘驱动机构，转盘底面呈环状均匀分布有箱体夹持装置，箱体夹持装置包括伸缩机构和夹板，伸缩机构竖直设置且两端分别与夹板和转盘固定，夹板与贮瓶箱对应呈扇环形，且夹板的两弧形边设有与翻边对应的托板；箱体夹持装置下方呈环形依次均匀分布有进箱工位、冲洗工位、吹风工位和消毒工位。本实用新型能够高效多工位自动进行疫苗瓶的清洗、吹干、高温消毒操作，大大提高疫苗瓶清洗效率，也保证了疫苗瓶的清洗效果。