本发明提供了一种微生物肥料及其制备方法、用途。一种微生物肥料，包括：按重量百分比计，微生物菌剂1％～3％，载体80％～90％，余量水；所述微生物菌剂包括枯草芽孢杆菌、解淀粉芽孢杆菌、胶冻样芽孢杆菌、侧孢芽孢杆菌、地衣芽孢杆菌和巨大芽孢杆菌中的一种或多种混合。本发明将特定种类的有益菌与载体以特定的比例合理搭配，解决了肥料不能施加于根部的问题，该肥料可以与种子或者作物根系直接接触，不烧根、不烧苗，对作物根系具有促进、养护作用。