本发明提供了一种莲子蛋白低聚肽及其制备方法，所述方法包括(1)浸泡、磨浆；(2)盐浸提：按料液比1：10～20添加NaCl至0.2～0.5mol/L，调节溶液PH值至8～10，过滤并离心得上清液；(3)酸沉：加入浓度0.25～0.5mol/L的HCl调节上清液PH值到4.3～4.7，静置沉淀，离心，得莲子蛋白沉淀物；(4)酶解：加水调至底物浓度为8％～16％，温度设定在35℃～45℃，PH调至3～8，加入蛋白酶，所述蛋白酶为质量比为1:1.5～2.5的中性蛋白酶和木瓜蛋白酶，酶解2～4h；灭酶；透析；膜过滤；干燥即可。本发明制得的莲子蛋白低聚肽得率最高达78.6％，外观色泽和口感质量俱佳。