本发明提出了一种富硒米曲霉的分离筛选方法及应用，本发明选用米曲霉为富硒载体通过微生物转化法将不容易被人体吸收利用的无机硒转化成容易被人体吸收利用的有机硒，从而使有机硒富含在米曲霉菌体细胞中来开发富硒食品；本发明的一种富硒米曲霉的分离筛选方法，使硒和米曲霉两者相辅相成，协同作用，发酵周期短，合成效率高，使生产获得的富硒米曲霉更加安全易于人体的吸收；本发明的一种富硒米曲霉的分离筛选方法使硒含量高达5.18mg/g，明显优于传统的微生物转化法制备有机硒的方法，能够广泛的运用于饲料行业、食品以及营养品产业中。