本发明涉及一种评估CRISPR/Cas9基因编辑效率或脱靶频率的方法，属于生物工程领域，主要包括三个部分：首先为了快速筛选转基因植株，选择标记基因mCherry插入表达载体中；其次为了快速鉴定CRISPR/Cas9基因的编辑效率和脱靶频率，将脂肪酸脱氢酶FAD2、FAD3作为靶基因插入载体中；最后利用靶基因突变后脂肪酸组分的变化，通过检测转基因阳性植株中C18不饱和脂肪酸的组成快速简便地筛选出被编辑的植株和未被编辑的植株，从而快速、准确、高效地确定特定的CRISPR/Cas9基因编辑系统的编辑效率和脱靶效应。