本实用新型公开了一种中小型生物工程菌种发酵罐，包括罐体、用于支撑罐体的支架、与罐体螺纹配合的盖子、设置在盖子上的进料口、与进料口连接的进料管、设置在罐体内部的搅拌装置、控制装置和设置在罐体内部的洁壁装置；所述洁壁装置包括移动环、设置在移动环上的毛刷和与移动环连接的控制移动环在罐体内上下移动的驱动装置，所述毛刷用于在移动环上下移动的过程中将吸附在罐体壁上的物料与罐体壁分离；所述控制装置用于控制搅拌装置及洁壁装置的启动及关闭；解决现有技术中中小型菌种发酵罐在发酵过程中由于物料吸附在罐体壁造成搅拌不均的技术问题。