本发明公开了一种用于游离DNA亚硫酸氢盐转化的试剂盒，包括亚硫酸氢盐溶液、保护液、洗液A、磁珠悬浮液、洗液B、洗液C和洗脱液，保护液由以下组分组成：四氢呋喃糠醇80％～85％，D‑α‑生育酚酸聚乙二醇1000琥珀酸10％～15％，乙酸四氢糖酯0.2％～0.3％，乙氧基黄叱精0.05％～0.1％，余量为水。本发明还提供了利用该试剂盒进行游离DNA亚硫酸氢盐转化及纯化DNA的方法。本发明对亚硫酸盐转化方法进行了大幅技术改进，使ctDNA转化能够在温和条件下(70～80℃)条件下快速(40～60分钟)完成，能够稳定体系pH并防止ctDNA降解，能够快速得到高转化率、高质量、高纯度的游离DNA，有利于甲基化研究的全自动化操作。