本发明公开了一种利用改进的CRISPR‑Cpf1进行基因装配的新方法，它是一种利用来自于FrancisellatularemianoticedU112菌株(土拉弗朗西斯菌诺维达亚种U112，基因序列号：MF193599)的DNA基因编辑酶FnCpf1进行基因重组克隆的方法。本方法在不影响FnCpf1切割效率的前提下，将crRNA(规律成簇的间隔的短回文重复序列转录产生的RNA序列)的种子序列从文献报道的23个核苷酸缩短为18个。同时选用oligo(dN)6(寡核苷酸六聚体)作为切割靶位点产生的粘性末端，克服了FnCpf1酶切后末端不均一的问题，从而显著提高外源DNA片段的装配效率，DNA片段装配效率达到85％左右。所述基因编辑酶FnCpf1可以用AsCpf1和LbCpf1等其它核酸编辑酶Cpf1代替。