本发明公开了一种畜禽粪污有机肥发酵复合功能包，包括复合功能包A和/或复合功能包B，复合功能包A包括复合微生物菌剂、复合酶制剂、腐殖酸、白酒糟粉和沸石粉；复合功能包B包括低聚异麦芽糖、糖蜜粉、磷酸二氢钾、硫酸镁、甘氨酸亚铁，甘氨酸锰、竹醋粉和柠檬酸。本发明采用A、B包装组合，可大大提高发酵速度、低温季节也能快速升温除臭、彻底腐熟并有效去除病虫害和抗生素残留，质量稳定，保质期长，实用性强。本发明还公开了该复合功能包的制备方法和应用，该复合功能包用于畜禽粪污有机肥发酵，无害化处理效率高，资源化利用高，得到的有机肥产品功能性强，营养全面，无毒无臭无害无污染，达到有机肥使用标准要求。