本发明公开了一种在水稻茎中特异表达的启动子的应用，属于植物基因工程领域。在水稻茎特异表达的启动子为OsNPF3.1基因的启动子，其序列如SEQIDNO.1所示。本发明通过构建了启动子‑GUS转基因植株及GUS表达活性检测，发现该启动子是一个在茎中特异表达的启动子，能够启动下游基因在水稻的茎中特异性表达。将OsNPF3.1基因的启动子应用于转基因工程中，可在水稻营养生长阶段促进根部营养向叶片转运，在生殖生长阶段促进叶片营养物质通过茎杆向穗部的再分配，促进种子灌浆结实，也可以使其他目的基因的表达产物特异的在茎中积累，增加局部表达量，因此该启动子在转基因工程中有良好的应用前景。