本发明属于生物工程技术领域，具体提供了一种高效生物脱硫菌剂及其应用方法。本发明所涉及的生物脱硫菌剂由巴斯德毕赤酵母和热带假丝酵母构成，其中巴斯德毕赤酵母的保藏编号为CGMCCNo.16155；热带假丝酵母的保藏编号为CGMCCNo.16156。该菌剂可应用于处理含硫化氢的气体及含硫废水中，除减少硫化氢等排放外，能够回收生物硫磺，具有显著的经济和环保效益。