本发明提供了一种利用制糖尾料和色氨酸母液生产生物饲料的发酵方法，具体是向混料罐中依次加入色氨酸母液、玉米浆、硫酸铵，用碱液调节发酵原料的pH，然后依次加入玉米麸、塘渣和碳酸氢钠，在混料罐中搅拌均匀后，将混合物料分为两份，两份混合物料中分别加入枯草芽孢杆菌和酵母菌，两种添加不同发酵菌的混合物料先分别进行兼性厌氧发酵，发酵完毕后混合，再进行厌氧发酵，发酵完毕后的再发酵混合物料直接进行装袋封口，或干燥后粉碎包装。本发明解决了色氨酸生产过程中制糖尾料和色氨酸母液的下游处理难度，缓解了氨基酸生产的环保压力。