本发明公开了一种MSC分离培养装置及其分离方法，包括培养套、培养皿、拉手、培养基、悬挂杆、圆形管、滴管、支撑座、第一接头、密封盖、储液箱、导线、第二接头、防尘套、导入管、导出管、开关、接线盒、输送泵、电机、电机开关、支撑架、支撑块、弧形卡口、转动柱、固定块、防尘塞、分离管、漏斗口、长管、储存室、第三接头、支撑圆柱、固定卡口、滤网以及第四接头。本发明输送泵通过导入管将储液箱中的待分离液吸出，通过导出管经过第四接头导入到分离管，经过所分离后经过滤网过滤留下所需的MSC液体，通过导管经过第三接头导入到圆形管，MSC液体从滴管流出到培养基上，避免了运输过程中的感染等意外，且培养套设置多个空腔能够用于容纳培养基。