本发明公开了一种去除热凝胶发酵液中菌体细胞的方法，属于生物工程领域。在热凝胶发酵液中，微生物菌体包裹在不溶性的热凝胶内，很难将两者分离开来。为在工业规模下获得低含氮量的高品质热凝胶产品，需分离去除微生物菌体。本发明对热凝胶发酵液进行第一次压滤后的固形物进行处理，将之溶解于碱性溶液中，进而采用均质法使内含的不溶性胶质物完全溶解，采用中性红和苯胺蓝进行染色和显微镜观察和检验，确保碱溶后不含有不溶性胶质物，能够显著提高后续压滤速率和除菌率，从而有益于工业规模下提高热凝胶最终产品的品质。