本发明公开了一种防治水稻稻瘟病的生物有机肥及其应用方法，属于生物工程领域。本发明生物有机肥料原料包括：畜禽粪便100～120份、硅藻土10～20份、樟树叶粉10～20份、黄腐酸钾5～15份、凹凸棒3～5份、海藻渣10～20份、菜籽粕5～10份、复方中草药原料10～20份、氧化钙3～5份、磷酸二氢钾2份；其中所述中草药原料包括前胡30～50份、苦棟皮20～30份、淡竹叶10～20份。本发明集成现代抑菌活性物质选择和混菌微生物发酵技术，通过微生物的协同发酵作用研制开发出高效、绿色的发酵生物有机肥料，该产品具有显著的防治水稻稻瘟病的功效，改变了现有技术中防治水稻稻瘟病以化学试剂为主的弊端，降低了水稻种植过程中药残，并具有显著的增产功效，可显著提高水稻的食品安全和种植效益；大田种植试验结果表明本发明产品可以有效抑制稻瘟病的发病，抑制率达到82％以上，具有较好的推广应用价值。